Muzeum im. Wojciecha Kętrzyńskiego w Kętrzynie jest jednym z najstarszych muzeów na terenie Warmii i Mazur. Działa nieprzerwanie od 26 lutego 1946 roku. W ciągu 65 lat swojej historii Muzeum przetrwało wiele reorganizacji i zmian administracyjnych. W 1987 r., jako jedno z pierwszych w Polsce, zostało muzeum samorządowym.
Muzeum założone zostało z inicjatywy Zofii Licharewej, która od stycznia 1945 r., jeszcze przed oficjalnym przekazaniem władzy polskiej administracji cywilnej, zajmowała się w Rastemborku zabezpieczaniem zabytków ruchomych zgromadzonych w okolicznych kościołach, dworach i pałacach. Działalność tą kontynuowała od maja 1945 r. jako pracownik Referatu Kultury i Sztuki Starostwa Powiatowego w Rastemborku (od maja 1946 r. – w Kętrzynie). Zgodnie z zaleceniami władz centralnych wszystkie zabytki zabezpieczone w składnicy w Kętrzynie musiały być przekazywane do innych placówek muzealnych i bibliotecznych. Jedną możliwość zachowania na miejscu mocno przetrzebionych już zbiorów w formie zorganizowanej kolekcji, stwarzało Polskie Towarzystwo Krajoznawcze, które miało uprawnienia do tworzenia muzeów i sprawowania opieki nad kolekcjami zabytków regionalnych.
Siedzibą Muzeum stał się na długie lata budynek dawnego aresztu przy ul Powstańców Warszawy 1. Powierzchnia wystawowa liczyła zaledwie 116 m2. W 1948 r. zbiory Muzeum po raz pierwszy zostały udostępnione dla zwiedzających. W maju 1967 r. Muzeum przeniesiono do pomieszczeń znajdujących się w odbudowanym zamku krzyżackim.
Od wielu lat Muzeum, poza wykonywaniem zadań statutowych takich jak gromadzenie zbiorów związanych z dziejami regionu, organizacja wystaw i edukacja regionalna, realizuje programy badawcze i edukacyjne finansowane również z funduszy przyznawanych przez Ministerstwa i agendy rządowe oraz z innych funduszy, także z Unii Europejskiej.
W swojej działalności Muzeum, współpracując ze środowiskiem miejscowych pasjonatów historii regionalnej jak i z dawnymi mieszkańcami miasta i regionu, stara się kontynuować akcję inwentaryzowania i gromadzenia regionaliów zapoczątkowaną przez założycielkę placówki. Ważnym elementem działalności jest prowadzenie prac badawczych dotyczących archeologicznej przeszłości regionu, historii miasta, historii pruskich rodów szlacheckich, sztuki państwa Zakonu Krzyżackiego, Prus Książęcych i Królestwa Prus. Do najciekawszych projektów badawczych realizowanych w Muzeum należą badania archeologiczne cmentarzyska z II-VII w. w Robawach z rytualnymi ofiarami składanymi z koni, interdyscyplinarne badania wczesnośredniowiecznego pruskiego kompleksu osadniczego w Poganowie (trzyletni grant badawczy Narodowego Centrum Nauki na lata 2012-2014), badania terenowe i archiwalne dotyczące krzyżackich systemów obrony oraz projekt poświęcony historii siedzib pruskich rodów szlacheckich.
W działalności edukacyjnej, skierowanej zarówno do mieszkańców miasta i regionu jak i do odwiedzających nasz region turystów, Muzeum skupiło się na przekazywaniu informacji o bogatej historii regionu, w tym o wielokulturowym i wieloetnicznym charakterze średniowiecznej i nowożytnej kultury Mazur. W tych działaniach Muzeum odwołuje się do działalności patrona Muzeum i miasta – Wojciecha Kętrzyńskiego.
Od 2006 roku Muzeum w okresie letnim organizuje trwający tydzień Jarmark Średniowieczny na Św. Jakuba, w czasie którego odbywają się warsztaty z dawnego rzemiosła i dawnej muzyki prowadzone przez wykonawców z Polski i różnych krajów Europy.